Scénáristé Roberto Orci a Alex Kurtzman poopravili Zoe Saldanu, která před nedávnem tvrdila, že scénář k chystanému filmu Star Trek XII je již napůl dopsán. Oba pisatelé na scénáři ještě nezačali pracovat a stále se snaží najít rovnováhu mezi novými příběhy a elementy známými z TOSky. Na scénáři spolupracují kromě jiných i s Damonem Lindelofem.

Podle Orciho se scénáristický tým stále nachází ve fázi "plánování a diskusí". Jak bylo řečeno výše, většina diskuzí se točí kolem otázky, zdali vyprávět nový příběh, nebo vzít námět z TOSky a zasadit jej do nové časové linie. Ty však mohou někdy splynout, což potvrdil i Orci: "I když si něco vymyslíte vy sám a myslíte, že jste originální, někdo v místnosti řekne 'Wow, to je úplně jak vystřižené z téhle a téhle epizody'. Takže i když se snažíte držet se od původního Treku dál, stejně v něm skončíte."

Také se zdá, že sequel bude opět zaměřen na přístupnost pro lidové masy, a přesto bude věrný Star Treku: "Hodně věcí, díky kterým si skalní Trekkeři vypěstovali lásku ke Star Treku, může ostatní lidi odrazovat. To nás vede zpět k základní otázce nadčasových témat a emocionálních vazeb. Tímhle jazykem mluví každý." Roberto také vysvětlil spolupráci mezi Nejvyšším soudem: "Příběh vymyslíme sami ve spolupráci s JJ Abramsem a Bryanem Burkem. Jakmile bude příběh pohromadě, pak já, Alex a Damon Lindelof napíšeme scénář."